Al norte, oeste, suroeste y sur limita con Croacia, al este con Serbia y al sureste con Montenegro.

Predomina el clima continental atenuado, con inviernos muy fríos y secos y veranos calurosos y húmedos. En la región montañosa el clima es de montaña o alpino, con veranos frescos y cortos e inviernos largos y fríos. Las lluvias se producen en verano, convirtiéndose en nieve a partir de los 2.000 m de altura.

Bosnia y Herzegovina está formada por dos entidades geohistóricas: Bosnia, la mayor, al norte, y Herzegovina, más pequeña, al sur. Es un país accidentado, con mesetas kársticas y terrenos de origen primario y secundario. Las cumbres del eje central dinárico superan los 2.300 m. El sur del país, pese a estar muy cerca de la fachada marítima, no tiene más que una única salida al Adriático: una pequeña ventana a la altura de la península de Pelješac. Bosnia es uno de los países europeos con mayor masa forestal, la cual representa el 50 % del país, predominando los bosques de coníferas. Los ríos pertenecen a las cuencas del Danubio (río Sava, su mayor afluente) y el Adriático.

El sector primario conserva todavía su importancia en la economía nacional, ya que emplea una quinta parte de la población activa. Los principales cultivos son la vid y las hortalizas, mientras que en las zonas altas la agricultura deja paso a la cría ganadera, principalmente de ovinos. Es también importante la explotación forestal, que alimenta una activa industria de la madera, la celulosa y el papel. La actividad industrial se halla vinculada a la actividad extractiva, con yacimientos de hierro (Vares) y carbón (Kakanj), que abastecen a la concentración siderúrgica de Zenica.