Limita al este con Rusia, al sur con Letonia y al norte y oeste con el mar Báltico.

Estonia se encuentra en la parte norte de las zonas de clima templado y la zona de transición climática marítima y continental. Debido a que Estonia (y todo el norte de Europa) se calienta continuamente por el aire marítimo influenciado por el contenido de calor del océano Atlántico norte, tiene un clima más benigno a pesar de su latitud septentrional. El mar Báltico provoca diferencias entre el clima de las zonas costeras y del interior durante las cuatro estaciones de Estonia, de duración muy similar entre sí. La temperatura media es de 16,3 °C (61,3 °F) en las islas bálticas y de 18,1 °C (64,6 °F) en el interior del país en julio, el mes más cálido, mientras que en febrero, el mes más frío, la temperatura ronda los -3,5 °C (25,7 °F) en las islas y los -7,6 °C (18,3 °F) en el interior del país.

La temperatura media anual en Estonia es de 5,2 °C . La temperatura media en febrero es -5,7 ° C, mientras que en julio es de 16,4 °C. El clima también está influenciado por el océano Atlántico, la corriente del Atlántico norte y la depresión de Islandia, una zona conocida por la formación de ciclones y donde la presión atmosférica media es menor que en las zonas vecinas. Estonia se encuentra en una zona húmeda en la que la cantidad de precipitación es mayor que la evaporación total. La precipitación media entre 1961 y 1990 osciló desde 535 hasta 727 milímetros y fue más fuerte en verano. Había entre 102 y 127 días de lluvia al año, y el promedio de estas fue más abundante en la vertiente occidental de Sakala y tierras altas de Haanja. La capa de nieve, que es más profunda en la parte sur-oriental de Estonia, por lo general dura desde mediados de diciembre hasta finales de marzo.

El territorio estonio incluye cerca de 800 islas, entre las que destacan las de Hiiumaa y Saaremaa por ser las de mayor tamaño, en la entrada del golfo de Riga. El país, llano al norte, presenta al sureste colinas morrénicas, marismas y algunos lagos, entre los que destacan el Peipus y el Pskov, que delimitan la frontera con Rusia.

La actividad agrícola se limita prácticamente al cultivo de las patatas y la remolacha azucarera, mientras que la ganadería cuenta con una considerable cabaña bovina, que abastece a una activa industria alimentaria (lácteos y carnes). Asimismo, cuenta con un potente sector pesquero y de explotación forestal (industria maderera y del papel). La actividad industrial se centra en el sector energético: aprovechamiento de esquistos bituminosos utilizados por las centrales térmicas. Además, se han desarrollado otras industrias, como la cementera, de material ferroviario, mecánicas, eléctricas y químicas.