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Nace en Lima el 3 de marzo de 1786. Sus padres fueron José de la Riva Agüero y María Sánchez Boquete, ambos pertenecientes a familias aristocráticas limeñas. Realizó sus estudios en España. Cuando Napoleón Bonaparte invade España, Riva Agüero forma parte del ejército hispano que luchó contra los franceses.
Regresa a Perú en 1809 y forma parte del movimiento independentista americano, prestando un apoyo decidido al General José de San Martín, organizando el batallón Numancia y las guerrillas que operaron cerca de la capital. Fue nombrado Prefecto del Departamento de Lima en agosto de 1821. En enero de 1822 San Martín lo nombró Benemérito de la Orden del Sol.
Rivas Agüero facilitó datos valiosos sobre la situación de las fuerzas realistas y contribuyó a definir el plan de operaciones del Ejército de los Andes, lo cual fue fundamental para la emancipación de América.
En Perú sobreviene una etapa de inestabilidad con la ausencia de San Martín. Entonces José de la Riva Agüero es proclamado por el Congreso como primer presidente de la República del Perú en 1823 y es el primer peruano es ostentar dicho título, aunque fue a través de un Golpe de Estado llamado Motín de Balconcillo. En su gobierno, intentó consolidar la independencia organizando el primer Ejército Peruano al mando de Andrés de Santa Cruz. Sin embargo, sufrió la entrada de las tropas realistas en la capital y la retirada del gobierno y su posterior instalación en el puerto de El Callao. Por esta situación, Riva Agüero perdió el apoyo del Congreso, el cual proclamó presidente a José Bernardo de Torre Tagle. El congreso también solicitó al Libertador Simón Bolívar regresar a Perú para consolidar la independencia, y de esta manera le otorga poderes dictatoriales a El Libertador.
Riva Agüero se refugia en Trujillo, desde donde busca conciliar con el Virrey para evitar la llegada de Bolívar, por lo que fue arrestado y acusado de traición, siendo desterrado a Chile. Entre julio y noviembre de 1823 reinaba la anarquía en Perú, puesto que existieron dos gobiernos paralelos. Riva Agüero fue apresado por el coronel Antonio Gutiérrez de la Fuente el 25 de noviembre de 1823, quien desobedeciendo la orden de fusilarlo, lo envió al destierro a Guayaquil.
En 1826 se casa con la princesa belga Carolina Looz. Regresó a Perú en octubre de 1831, logrando recuperar su trabajo político como diputado por Lima a la Convención Nacional de 1833, pero poco después fue acusado de estar involucrado en una conspiración contra el gobierno de Agustín Gamarra y debió marchar nuevamente al destierro, a Guayaquil.
De nuevo sufre destierro en 1835 a Chile, por parte de Felipe Santiago Salaverry. Retorna a Perú y es designado por Andrés de Santa Cruz presidente del Estado Norperuano en 1838. Ejerció a duras penas su autoridad hasta que llegó a Lima la noticia de la derrota de los confederados de Santa Cruz en la batalla de Yungay, en enero de 1839, lo cual significó el fin de su carrera pública.
Estuvo en Guayaquil hasta 1843, año en el cual regresó a Lima y se dedicó a labores agrícolas, separándose de la vida política. Falleció el 21 de mayo de 1858. Algunos de sus escritos famosos son los siguientes:
* Manifestación histórica y política de la revolución de América (1816).
* Exposición acerca de su conducta pública en el tiempo en que ejerció la presidencia de la República del Perú (1824).
* Memorias y documentos para la historia de la independencia del Perú y causas del mal éxito que ha tenido ésta (1858).
