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Juan Martín de Pueyrredón Y O'Dogan nació en Buenos Aires el 18 de diciembre de 1777. Era hijo del comerciante francés Don Juan Martín de Pueyrredón y de Rita O’Dogan, de familia porteña de origen irlandés.
Estudió en el Colegio San Carlos, antes de viajar a Europa, donde continuó con sus estudios formándose en arte, filosofía, historia y latín.
En 1805 volvió a Buenos Aires y debió hacerse cargo de los negocios familiares convirtiéndose rápidamente en un próspero comerciante. Para entonces se casó con una prima que, al poco tiempo de casados enloqueció y, posteriormente, falleció.
Al año siguiente tropas inglesas desembarcaron en Buenos Aires en lo que constituyeron las Primeras invasiones Inglesas. Pueyrredón, junto a sus hermanos, Martin Rodríguez y otros vecinos, aprovisionaron fuerzas en un paraje denominado Chacra de Perdriel y organizaron una tropa de milicia, que se constituiría en el primer Regimiento de Húsares. Allí mismo fue atacado y derrotado por las tropas británicas. Sin embargo, se convenció de que se podía recuperar la ciudad y con a su ejército se unió a Santiago de Liniers y a Ruiz Huidobro para la Reconquista de la ciudad de Buenos Aires el 12 de agosto de 1806, venciendo al ejército inglés al mando del General Beresford.
Luego de estos acontecimientos, Juan Martín de Pueyrredón fue enviado a España para informarle los sucesos al Rey y pedir refuerzos. Sus pedidos fueron desestimados y el desinterés de Madrid por sus colonias americanas convenció a Pueyrredón de que debían independizarse definitivamente de la corona.
Al producirse la invasión francesa a España, regresó a Montevideo en enero de 1809, pero fue arrestado por orden del gobernador Francisco Javier de Elío, enemigo del virrey Liniers y enviado a España nuevamente aunque logró escapar en las costas de Brasil y regresó a Buenos Aires en junio de 1810, ya acontecidos los sucesos de Mayo. Rápidamente se puso a disposición de la Primera Junta. A partir de allí fue nombrado Gobernador de Córdoba primero y de la intendencia de Charcas después.
Hacia 1812 Juan Martin de Pueyrredón era un hombre prestigioso y fue designado jefe del Ejército del Norte. Fue reemplazado por Manuel Belgrano en marzo del año siguiente y regresó a Buenos Aires para ocuparse de asuntos políticos. Integró el Primer Triunvirato. Donde encargó al recién llegado José de San Martín la formación del Regimiento de Granaderos a Caballo y detuvo la masacre de españoles que siguió a la denuncia de conspiración contra Martín de Álzaga. Sin embargo, este gobierno no duró mucho siendo derrocado tras un alzamiento militar en octubre de 1812, tras el cual, Pueyrredón fue detenido y exiliado en San Luis.
En su retorno a Buenos Aires en 1815, Pueyrredón conoció a María Calixta Tellechea con quien contrajo matrimonio en mayo. En la ciudad puntana había reiniciado su actividad política y el cabildo de esa provincia lo eligió diputado ante el Congreso de Tucumán. En 1816 el Congreso de Tucumán que declaró finalmente la independencia, lo designó Director Supremo de las Provincias Unidas, con el apoyo de Martín Miguel de Güemes y José de San Martín. Desde aquel cargo, que conservó durante tres años, llevó a cabo un gobierno activo y apoyó la campaña a Chile de San Martín, pero también debió enfrentar una crisis económica y la guerra con los caudillos del litoral, como Artigas y otros líderes federales.
Para acabar con la resistencia de Artigas, Pueyrredón y en especial los diputados porteños, todavía sesionando en Tucumán, dejaron que la Banda Oriental fuera ocupada por los portugueses que la invadieron en agosto de 1816.
Con los años fue acentuando su inclinación unitaria y centralista, realizó varias invasiones a las provincias litorales pero, después de jurar la Constitución de 1819, (marcadamente centralista), en junio de ese año, renunció al cargo de Director Supremo.
Poco después fue detenido, por presión de los caudillos y acusado de traidor, pero pudo huir y refugiarse en Montevideo.
Regresó a Buenos Aires en marzo de 1821 y dos años después su esposa Calixta Tellechea y Caviedes, le daba su único hijo, quien fuera el famoso pintor e ingeniero civil Prilidiano Pueyrredón. A partir de allí mermaría su actividad política.
En 1835, con el inicio del segundo gobierno de Juan Manuel de Rosas, se exilió en Burdeos, en Río de Janeiro y en París.
Regresó en octubre de 1849 y falleció en marzo del siguiente año. Sus restos mortales descansan en el Cementerio de la Recoleta de la Ciudad de Buenos Aires.
